حضرت آیت الله خامنه ا ی رهبر معظم انقلاب اسلامی با ابراز تأسف عمیق از سخنان پاپ درباره اسلام، به عکس العملِ به حق جهان اسلام در قبال این سخنان اشاره کردند و افزودند: جنبه اول این سخنان تهمتهایی است که به اسلام زده شده و جنبه دوم و مهمتر آن، کمک اینگونه سخنان به سیاستهای سلطه گران جهانی برای ایجاد بحران مذهبی میان مسلمانان و مسیحیان است.
ایشان تصریح کردند: اتهام بی توجهی اسلام به عقلانیت، مانند انکار کردن نور خورشید است چرا که در هیچ کتاب آسمانی به اندازه قرآن، بر تعقل و تدبر تأکید نشده است و تمدن درخشان علمی امت اسلام نیز برپایه توجه به توصیه های اسلام در باب اهمیت تعقل و علم و تدبر شکل گرفت.
ایشان با اشاره به بخش دیگری از سخنان پاپ درباره جهاد در اسلام افزودند: این کمال بی انصافی است که کسی مسئله جهاد در اسلام را نفهمد و آن را بد معرفی کند.
حضرت آیت الله خامنه ای خاطرنشان کردند: جهاد اسلامی برای تحمیل عقیده بر دیگران نیست بلکه مبارزه آزادیبخش ملتها با قدرتهایی است که انسانها را به بردگی می کشانند.
ایشان با اشاره به آیات قرآن و سخنان ائمه (ع) درباره ضرورت برخورد تکریم آمیز مسلمانان با کسانی که عقاید دیگری دارند افزودند: از لحاظ اسلام، انسانها به علت انسان بودن، شایسته برخورد صحیح و تکریم آمیز هستند و چگونه است که با وجود این آیات صریح و متعدد، اسلام به برخورد خشونت آمیز متهم می شود.
رهبر انقلاب اسلامی افزودند: جنبه مهمتر سخنان بسیار تأسف انگیز پاپ، سیاستهای استکباری پشت پرده اینگونه اظهارات یعنی کمک به بحران آفرینی مذهبی – قرار دادن پیروان مذاهب مختلف در مقابل یکدیگر و جلوگیری از همکاری ملتها و پیروان مذاهب الهی است.
ایشان با اشاره به تلاش امریکا برای ایجاد بدبینی و کینه ورزی میان مسلمانان و مسیحیان – زشت جلوه دادن چهره اقلیتهای مسلمان در غرب و ایجاد بهانه حمایت از تروریسم برای سرکوب جوامع اسلامی خاطرنشان کردند: زورگویان جهانی، ادامه حیات خود را در گرو بحران آفرینی مذهبی در جامعه بین المللی می دانند و پاپ با سخنان خود، عملاً به این سیاستها کمک کرده است.
حضرت آیت الله خامنه ای افزودند: البته گمان می رود پاپ در این زمینه فریب خورده و توجه نکرده است که پشت سر این گونه سخنان چه مقاصد و اهدافی دنبال می شود.
ایشان با اشاره به یکی از دیدارهای خود با یکی از مقامات اروپایی در چند سال پیش افزودند: این شخص در آن دیدار به جنگ میان مسیحیان و مسلمانان اشاره کرد که بنده بسیار تعجب کردم اما وقتی که ماجرای برجهای نیویورک روی داد و رئیس جمهور امریکا از جنگ صلیبی سخن گفت و سپس این پروژه امریکایی – صهیونیستی با حمله به عراق شروع شد، معنای حرف آن مقام اروپایی که در حمله به عراق نیز دخالت مستقیم داشت، کاملاً روشن شد و مشخص گردید که سران استکبار از قبل حلقه های این توطئه امریکایی – صهیونیستی را مشخص کرده بودند.
ایشان ماجرای کاریکاتورهای اهانت آمیز و سخنان توهین آمیز برخی سیاسیون و مطبوعات امریکایی و اروپایی درباره ا سلام را حلقه های مختلف توطئه راه اندازی جنگ صلیبی برشمردند و افزودند: سخنان پاپ تازه ترین حلقه این ماجراست.
رهبر انقلاب افزودند: ما از بوش توقعی نداریم چرا که برای قدرتها و کمپانیهای غارتگر جهانی کار می کند اما این سخنان از یک مقام ارشد روحانی مسیحی بسیار مایه تأسف و تعجب است.
ولی امر مسلمین، مسلمانان جهان را به توجه به سیاستهای پشت پرده سخنان پاپ فراخواندند و افزودند: در این قضیه هم شیطان بزرگ مشغول نقش آفرینی است و همه توجه کنند که جهت حمله و اعتراض باید متوجه کسانی باشد که از این سخنان غیر منصفانه پاپ نفع می برند و با استفاده از آن سیاستهای مستکبرانه خود را دنبال می کنند.